Την αντίδραση του υπουργείου Παιδείας προκάλεσε απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας για το πρόγραμμα διδασκαλίας Θρησκευτικών, που εισήγαγε ο πρώην υπουργός, Νίκος Φίλης, με την κυβέρνηση, το υπουργείο Παιδείας και το ΣΥΡΙΖΑ να κατηγορούν το ΣτΕ ότι ταυτίζεται με ακραίους και σκοταδιστικούς θεολογικούς κύκλους.
Σε ανακοίνωσή του το υπουργείο Παιδείας δηλώνει «αποφασισμένο να συνεχίσει το έργο της ανανέωσης, του πλουραλισμού και του εκδημοκρατισμού των προγραμμάτων σπουδών και των διδακτικών υλικών όλων των βαθμίδων» και προσθέτει ότι «η συγκεκριμένη απόφαση πηγαίνει την εκπαίδευση και την κοινωνία πολλά χρόνια πίσω, καθώς ταυτίζεται και συντάσσεται με απόψεις ακραίων και σκοταδιστικών θεολογικών κύκλων. Το Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων δηλώνει αποφασισμένο να συνεχίσει το έργο της ανανέωσης, του πλουραλισμού και του εκδημοκρατισμού των προγραμμάτων σπουδών και των διδακτικών υλικών όλων των βαθμίδων».
Στο ΣτΕ είχαν προσφύγει γονείς και θρησκευτικοί φορείς αναφορικά με τη διδασκαλία του μαθήματος στο Δημοτικό και το Γυμνάσιο σύμφωνα με την από 7.9.2016 απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας, Νίκου Φίλη, ζητώντας να ακυρωθεί η επίμαχη απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας, καθώς με αυτήν πραγματοποιείται μια ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα του μαθήματος των θρησκευτικών, αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του Ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του», ενώ παράλληλα είναι αντισυνταγματική, αντίθετη στις διεθνείς συμβάσεις και την Ευρωπαϊκή και Ελληνική νομοθεσία.
Η Ολομέλεια του ΣτΕ έκρινε αντισυνταγματικό το πρόγραμμα των Θρησκευτικών, καθώς «κλονίζει τη θρησκευτική χριστιανική συνείδηση» και αντιτίθεται:
- Στο άρθρο 16 του Συντάγματος το οποίο ορίζει ότι η παιδεία αποτελεί βασική αποστολή του κράτους και μεταξύ των σκοπών της είναι η ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης. Με το πρόγραμμα σπουδών που εισάγεται για το Δημοτικό και το Γυμνάσιο «φαλκιδεύεται» ο επιβαλλόμενος από τη συνταγματική αυτή διάταξη σκοπός της ανάπτυξης της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης των μαθητών.
- Στο άρθρο 13 του Συντάγματος που κατοχυρώνει ως απαραβίαστη την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης. Η υπουργική απόφαση, σύμφωνα με τους δικαστές, κλονίζει την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση που πριν από την έναρξη του σχολικού βίου διαμορφώνουν οι μαθητές το πλαίσιο του οικογενειακού τους περιβάλλοντος. Μάλιστα, επειδή τα παιδιά δεν διαθέτουν την κριτική αντίληψη των ενηλίκων μπορεί να εκτραπούν από την Ορθόδοξη συνείδηση, με τη διδασκαλία που προτείνεται μέσω της υπουγικής απόφασης.
- Προσβάλλεται η ΕΣΔΑ (ευρωπαϊκή σύμβαση δικαιωμάτων του ανθρώπου) γιατί στερεί από τους μαθητές του Ορθόδοξου Χριστιανικού δόγματος το δικαίωμα να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα, τις ηθικές αξίες και τις παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας του Χριστού.
Επίσης, οι Σύμβουλοι της Επικρατείας σημειώνουν ότι το πρόγραμμα σπουδών παρουσιάζει σοβαρές ελλείψεις ως προς το περιεχόμενο της Ορθόδοξης Χριστιανικής διδασκαλίας, καθώς:
α) Δεν γίνεται αναφορά στην Αγία Ομοούσιο και Αδιαίρετο Τριάδα την οποία επικαλούνται στην επικεφαλίδα τους όλα τα Ελληνικά Συντάγματα και
β) Στην Γ΄ τάξη του Δημοτικού ο Ιησούς Χριστός παρουσιάζεται ως ξένος, ως προσδοκώμενος Μεσσίας, ως δάσκαλος που όλοι θαυμάζουν, ως αγαπημένος φίλος, όχι όμως ως Σωτήρας του κόσμου.
